Les premiers documents de la paroisse de S. Giovanni a Molli remontent à l’an 1178 quand la Duchesse et Marquise Matilde de Toscane fit don des terres, des choses et des églises placées dans les paroisses de Molli, Pernina et San Giusto aux évêques de Volterra. L'église existe encore et a été modifiée et probablement élargie au fil des siècles. La paroisse est composée de trois nefs, séparées par une série de quatre arches en plein cintre; le toit est soutenu par trois poutres avec des linteaux à poutre consoles. Les puissants pilastres en forme carrée sont remarquables. L'autel a été reconstruit, peut-être avec les pierres de la tour détruite par la foudre en 1930. Le portail montre l’emblème de San Bernardino et les signes d'une rénovation qui a probablement été réalisée au début de 1700. Un petit village, construit autour de l'église, prit le nom de Pieve a Molli et pendent le XIII siècle est devenu le centre d'une commune rurale étendue sur une grande partie de la Montagnola, dont les colonies les plus importantes étaient Cerbaia et Tegoia. En 1267 Sozzo Angiolieri (cousin du célèbre poète siennois Cecco Angiolieri) était recteur du village. Un statut élaboré en 1338 a laissé un témoignage intéressant et l'organisation de la vie au sein de la communauté. En 1366, le village a été uni à celui de Sovicille.