Il villaggio conserva alcune tracce delle sue strutture medievali, tra cui una porta in pietra ad arco ribassato. La località è menzionata nella donazione che nel 730 Warnefred, gastaldo longobardo di Siena, fece all’abbazia di S. Eugenio. Nel secolo XI appartenne ai conti Ardengheschi e nel 1203 presso la sua chiesa di S. Biagio furono stabilite le condizioni di un accordo tra questi conti e il Comune di Siena. Nel 1247 San Biagio a Filetta era una delle comunità appartenenti allo stato senese. Ad essa il Comune di Siena impose, nel 1262, di scavare a proprie spese un pozzo di acqua viva: «il pozzo deve avere un buon secchio con catena, una buona copertura che consenta la chiusura la notte». Nell’agosto del 1313 l’imperatore Enrico VII di Lussemburgo si accampò con il proprio esercito presso Filetta, allo scopo di curare la malattia che lo affliggeva nelle acque termali del Doccio, a poca distanza dal villaggio, sulla sponda sinistra del fiume Merse. I resti dell’impianto termale, in funzione fino alla metà del ‘900, sono tuttora visibili.