L’esistenza della pieve di S. Giovanni a Molli è attestata fin dal 1178, quando la duchessa e marchesa Matilde di Toscana confermò alla diocesi di Volterra le terre, cose, chiese e decime poste nelle pievi di Molli, Pernina e San Giusto. La chiesa, tuttora esistente, anche se rimaneggiata e probabilmente ampliata nel corso dei secoli, è costituita da tre navate, divise da quattro archi a tutto sesto, poggianti su possenti pilastri a forma quadrata. Il tetto è sorretto da tre capriate con architravi a mensola. L’altare è stato ricostruito, forse utilizzando alcune pietre del campanile, rovinato da un fulmine nel 1930. Il portale, con timpano spezzato e uno stemma di S. Bernardino, mostra i segni di un rifacimento eseguito probabilmente agli inizi del 1700. Un piccolo villaggio, sorto intorno alla chiesa, prese il nome di Pieve a Molli e nel XIII divenne il centro di un comune rurale esteso su gran parte della Montagnola, i cui insediamenti più importanti erano costituiti da Cerbaia e Tegoia. Nel 1267 fu rettore del comune Sozzo Angiolieri, parente del celebre poeta senese Cecco Angiolieri. Uno statuto redatto nel 1338 ci ha lasciato un’interessante testimonianza dell’organizzazione comunale e della vita all’interno della comunità. Nel 1366 il comune fu unito a quello di Sovicille.